口袋妖怪火紅中文版故事設定在虛構的關都地區，一個基于日本關東的島嶼。在游歷地區中各個城市的過程中，主角會遇到名為道館的設施。游戲開始時，玩家能夠選擇主角的性別。玩家選擇的主角為男性時會以火紅開始游戲，選擇女性時會以葉綠開始游戲。在道館中有道館訓練家，主角需要在寶可夢對戰中擊敗他們以獲得道館徽章。在獲得八枚徽章后才有資格進入由地區中最出色的訓練家組成的寶可夢聯盟。在那里玩家將會挑戰四天王，對抗濫用寶可夢力量的敵對組織火箭隊，直面并擊敗組織的首領坂木。